Portugal e Brasil na crise do Antigo Sistema Colonial já nasceu clássico. Mesmo antes de publicado, em 1979, sua influência teve um raio que poucos alcançaram. Aqui, Fernando A. Novais desdobra em um amplo panorama a formulação de Caio Prado Jr. em Formação do Brasil contemporâneo, segundo a qual o "sentido da colonização" é dado pelo capitalismo comercial, expandindo-se a partir da Europa em direção a todos os continentes. Novais situa Portugal como nação pioneira mas de segunda ordem, cada vez mais dependente da proteção inglesa, embora detentora de amplos domínios na América. Estes assumem a função de economia complementar, acelerando a acumulação primitiva de capital. O conjunto forma o Antigo Sistema Colonial que, no final do século XVIII, entra em crise quando o capitalismo comercial se esgota nos países centrais para se transmutar em capitalismo industrial.
Nesse momento entram em cena - com percepções, diagnósticos e respostas à crise - várias personagens da Ilustração luso-brasileira, como o Conde de Linhares e o bispo Azeredo Coutinho. No caldo de contradições dessa época, o autor divisa tanto a verdade do que estava a ponto de se tornar passado quanto as bases futuras do Brasil como nação independente. Essa complexa articulação de acontecimentos, conjunturas e estruturas históricas nunca tinha sido vista na historiografia brasileira e, desde então, continua sem igual.